El Fondo Nacional de Garantías está sujeto a la vigilancia de las entidades de control estatal en diferentes ámbitos: Fiscal, por la Contraloría General de la República; y disciplinario, a cargo de la Procuraduría General de la Nación. Igualmente, desde el año 2004, está sujeto a la vigilancia de la Superintendencia Financiera. A nivel interno, los principales estamentos de control son: